在MBR運轉初期，污泥起泡時，宜加入消泡劑。此時請使用高級乙醇系列消泡劑，硅膠系列消泡劑嚴禁使用。因為硅膠系列消泡劑會被吸附到膜表面容易堵塞膜，同時會加快膜間壓差的上升，而且硅膠引起的壓差上升，屬不可逆的膜污染，無法恢復，所以嚴禁使用硅膠系列消泡劑，所以在選用消泡劑的時候禁忌使用硅膠類的消泡劑，避免造成不應該的損失。
